九三学社郑州市委员会成立于1985年。
1956年，九三学社中央开始在郑州发展社员。1957年，郑州直属小组成立。1980年，九三学社郑州分社成立。
1984年10月19日，九三学社郑州市委员会筹备组成立。陶世信任筹备组第一召集人，徐舒南、周培南任第二召集人。当时，市属社员共有22人。
1985年3月12日，九三学社郑州市社员大会召开，选举产生了九三学社郑州市第一届委员会。第一届委员会5人，陶世信为主任委员，周培南为副主任委员。1987年5月，增选李文培、陈奇男2人为委员，增选卞志滢为副主任委员。第一届委员会成立时，共有社员33人，4个基层小组。
1996年9月6日，九三学社郑州市第二次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第二届委员会。第二届委员会12人，陈奇男为主任委员，赵庚辰、文一元、刘一来为副主任委员。2000年11月17日，二届十二次全体（扩大）会议增选郑高飞为委员，增选舒安娜为副主任委员。第二届委员会成立时，共有社员236名，6个支社和22个小组。
2001年12月6日，九三学社郑州市第三次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第三届委员会。第三届委员会13人，舒安娜为主任委员，刘一来、王水龙、郑高飞为副主任委员，任命石权为秘书长。2002年10月，石权退休辞去秘书长职务，刘一来兼任秘书长。2006年6月1日，三届十三次全体（扩大）会议增补李琳为委员；增补王秀霞、李琳为副主任委员。刘一来辞去秘书长，郑高飞兼任秘书长。第三届委员会成立时，共有社员281名，7个支社和21个小组。
2006年12月9日，九三学社郑州市第四次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第四届委员会。第四届委员会17人，舒安娜为主任委员，王水龙、郑高飞、王秀霞、李琳为副主任委员，任命郑高飞兼任秘书长。第四届委员会成立时，共有社员324名，4个基层委员会和18个支社。
2012年1月14日，九三学社郑州市第五次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第五届委员会。第五届委员会23人，舒安娜为主任委员，郑高飞、王秀霞、李琳、刘崇怀、李秋红为副主任委员，任命郑高飞兼任秘书长。五届委员会成立时，共有社员434名，4个基层委员会和24个支社。2015年5月11日，九三学社郑州市委召开五届十一次全体（扩大）会议暨监督委员会成立会议，郑高飞当选为监督委员会主任，李秋红当选为监督委员会副主任。
2017年7月28日，九三学社郑州市第六次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第六届委员会。第六届委员会22人。在六届一次全会上，选举郑高飞为主任委员，刘崇怀、李秋红、黄万新、何艳丽为副主任委员；选举何艳丽为监督委员会主任，李琳、刘本彩为监督委员会副主任。第六届委员会成立时，共有社员529名，4个基层委员会和23个支社。
2021年9月24日，九三学社郑州市第七次代表大会召开，选举产生了九三学社郑州市第七届委员会。第七届委员会23人。在七届一次全会上，选举李秋红为主任委员，黄万新、何艳丽、苟雷、陈颍燕、耿天宝为副主任委员，任命尚秋霞为秘书长；选举何艳丽为监督委员会主任，段学哲、赵博为监督委员会副主任。
截至2023年12月底，郑州市共有社员731名，平均年龄56岁，其中高级职称413人，占比56.5%。科技界283人，占比39.42%。社市委共有8个工作委员会、8个专门委员会、1个书画院、6个基层委员会和31个支社。
目前，有社省委副主委1人，社省委委员3人。省政协常委1人，省政协委员1人。市人大常委1人，市人大代表3人；市政协副主席1人，常委5人，市政协委员14人。区人大副主任1人，区人大常委2人，区人大代表7人；区政协副主席2人，区政协常委15人，区政协委员31人。